A queda do volume de água dos rios, especialmente nas regiões Sudeste e Centro Oeste, está paralisando ou reduzindo a navegação nas principais hidrovias do país. Segundo a Fenavega (Federação Nacional das Empresas de Navegação Aquaviária), o transporte rodoviário, alternativa ao hidroviário, é 70% mais caro. 

Para evitar racionamento de energia por conta da pior crise hídrica dos últimos 91 anos, o governo diminuiu a vazão dos reservatórios das hidrelétricas. No entanto, a medida baixou o nível dos rios e prejudicou o transporte de cargas.

Embarcações utilizadas para o transporte de soja estão paradas na hidrovia Tietê-Paraná desde o fim de agosto. Com a queda do nível dos rios, elas correm grande risco de encalhar durante a navegação.

Quando os rios estão favoráveis para navegação, a soja é transportada pela hidrovia Tietê-Paraná, de São Simão (GO) a Pederneiras (SP). Lá, ela é levada de trem para o Porto de Santos. Sem poder navegar, a soja produzida no Centro Oeste é levada para Santos de caminhão.

É previsto que a hidrovia seja reaberta em fevereiro de 2022, durante a estação de cheias. Porém, se a chuva demorar mais do que o previsto para voltar a cair, o nível de água dos rios pode baixar ainda mais e atrasar a retomada.

No Rio Paraguai, o transporte de minério de ferro de Corumbá (MS) para portos da Argentina e do Uruguai está praticamente parado. Já no Rio Madeira, no Norte do país, as embarcações de soja estão saindo de Porto Velho (RO) até Itacoatiara (AM), mas com quantidade de carga reduzida.

Segundo a Fenavega, o custo do frete pelas hidrovias é 70% menor do que pelas rodovias, além de ser mais eficiente. A federação relata enfrentar constantes embates com o setor elétrico devido a falta de investimento nos rios brasileiros.

A secretaria de Logística e Abastecimento de Transportes de São Paulo disse em resposta que, a hidrovia Tietê-Paraná parou porque o Ministério da Infraestrutura não liberou verba para retirada das pedras no canal da usina de Nova Avanhadava. 

O ministério da Infraestrutura, por sua vez, afirmou que a paralisação das obras foi causada pelo atraso na entrega de documentação complementar pelo Departamento Hidroviário de São Paulo, e não por falta de dinheiro.